L'histoire tourne atour de deux filles, Misumi Nagisa et Yukishiro Honoka, qui rencontrent Mipple et Mepple, deux fées du Jardin de Lumière. Ces fées leur donnent les moyens de lutter contre les forces de Dark Zone :une dimension du mal qui a envahi le Jardin de Lumière et où est maintenant en train de faire la même chose au Jardin des Arc-en-ciel, la Terre. La quête initiale de la série était que Cure Black et Cure White cherchent les Prism Stones, et les placent dans le Prisl Hopish. L'Hopish est protégé par le Gardien, Wisdom. Une fois qu'elles ont découvert toutes les Prism Stones, leurs pouvoirs les conduit au Jardin de Lumière, où les dommages causés par la Dark Zone sont effacés par le pouvoir des Prism Stones. Plus tard dans la série, Porun, le Prince du Jardin de Lumière donne aux Pretty Cure un nouveau pouvoir, les bracelets Arc-en-ciel pour vaincre Dark King

Nagisa Misumi :

Elle semble garçon manqué mais elle a beaucoup de peluches et est en fait très timide. Nagisa est une étudiante de deuxième année (troisième dans la saison 2) à la Private Verone Academy Sakure Class, elle est l'ace de l'école dans l'équipe decrosse.  Elle a un cœur fort, bien qu'elle soit plutôt paresseuse quand il s'agit de faire ses devoirs. Elle est également une amoureuse de la nourriture, son repas préféré étant les takoyakis. Bien que généralement courageuse, elle deviendra nerveuse quand elle sera près de Shougo, dont elle est amoureuse. Elle est assez connue pour sa phrase « Impossible !  En Cure Black, elle est forte et passionnée. Elle se présente comme « l'émissaire de la Lumière, Cure Black !. Son nom anglais est Nathalie mais on l appelle Nat'.Elle a 14 ans

Honoka Yukishiro :

Très intelligente, Honoka est vraiment une fille calme qui est dans la classe de Nagisa pendant ses seconde et troisième années de collège.Elle sait beaucoup de choses et est parfois surnommée « La Reine du Savoir ». Elle est dans le club de science, où elle est respectée par les autres. Sous la forme de Cure White, elle est agile et gracieuse. Elle se présente comme « L'émissaire de la Lumière, Cure White !  Son nom en anglais est Hanna. Elle a 14 ans

Mepple :

Mepple est le protecteur de la Princesse de l'Espoir qui permet à Nagisa de se transformer en Cure Black. Il est en couple avec Mipple et est souvent ennuyé quand Porun détourne l'attention de Mipple loin de lui. Il dérange souvent Nagisa pour le nourrir ou pour l'embêter. Il vit chez Nagisa et finit ses phrases par « mepo ». Mipple et Mepple peuvent seulement rester dans leur vraie forme pendant un temps limité avant d'être fatigués, donc pour économiser de l'énergie, ils prennent une forme ressemblant à un téléphone portable.

Mipple :

Mipple est la Princesse de l'Espoir du Jardin de Lumière. Elle, comme Honoka, est généralement plus réservée que son homologue masculin. Elle est toujours proche de Porun, quand il arrive dans la série, ce qui cause des problèmes entre elle et Mepple. Elle habite chez Honoka et finit ses phrases par « mipo ». L'attitude de Mepple l'ennuie quand celui-ci est énervé contre Porun.

Porun:

Porun est le Prince du Jardin de Lumière. Il est envoyé sut Terre après que les Pretty Cure aient rassemblés toutes les Prism Stone. La Reine lui donne une énigme sur ses pouvoirs pouvant aider les Pretty Cure. Plus tard, quand Wisdom sera en danger, Wisom placera les pouvoirs des Pierres Arc-en-Ciel en Porun, à son insu. Cela lui donne la possibilité de rester dans sa forme normale ainsi que la capacité de communiquer avec différentes personnes du Jardin de Lumière. Quand il communique avec eux, il devient ce qui ressemble une console de jeu et tout le monde peut entendre ce qu'il est dit et communiquer. Il donne également aux Pretty Cure les Bracelets Arc-en-Ciel. Il a tendance à être extrêmement égoïste et pense seulement à lui-même. Il est plutôt puéril et a beaucoup d’énergie. Il peut être un peu ennuyant et l'est définitivement quand Mepple veut être seul avec Mipple. . Il vit le plus souvent avec Nagisa . Il finit ses phrases avec le suffixe « popo ».